La ira de Khan es una historia de venganza: Khan, un hombre alterado genéticamente que había sido condenado al destierro por sus crímenes contra la humanidad, consigue escapar y dedicarse a su más ferviente sueño: vengarse del capitán James T. Kirk.

También es una curiosa historia moral en la que Spock deriva de la pura lógica y de su carencia de ego la sorprendente máxima de que el bien de la mayoría es superior al de la minoría. O al de uno solo.

Dos son los aspectos matemáticos de la película: uno está en el propio guión: la derrota de Khan se deberá a su pensamiento plano, a su incapacidad para pensar en tres dimensiones, lo que dará lugar a un enfrentamiento tipo submarino en el interior de la Mutara Nebula que resultará crucial.

El otro es de índole técnica, y es que en esta película se utilizaron por primera vez en el cine técnicas fractales para crear escenarios por ordenador. El Génesis, un sistema de transformación planetario, se muestra en acción en unas escenas que, pese a los años transcurridos, siguen siendo espectaculares.